La Fundación Carolina se creó por acuerdo del Consejo de Ministros de 22 de septiembre de 2000, con el fin de fomentar las relaciones culturales y la cooperación en materia educativa y científica entre España y los países de la Comunidad Iberoamericana de Naciones y con otros con especiales vínculos históricos, culturales y geográficos. Su nombre hace referencia a S.M. el Rey Don Juan Carlos I, en la celebración del 25º aniversario de su reinado y al Rey Carlos I de España, en el año de conmemoración del 500º aniversario de su nacimiento, efemérides celebradas en el año 2000. Uno de los propósitos de sus fundadores fue poner la institución al servicio de la Corona de España en ese año de celebraciones.
Por su naturaleza jurídica público-privada, su mandato y las funciones que tiene encomendadas podemos decir que la Fundación Carolina es una institución única en el sistema español de cooperación internacional así como en el marco de la Comunidad Iberoamericana de Naciones. Así, su Patronato, máximo órgano de gobierno y administración, cuenta con la Presidencia de Honor de S.M. El Rey Don Felipe VI de España y la Presidencia Ejecutiva del Presidente del Gobierno así como con un importante número de cargos públicos en calidad de miembros natos, presidentes de las grandes empresas españolas en calidad de miembros vocales y personalidades destacadas de la vida política, cultural, económica y social de la Comunidad Iberoamericana de Naciones en calidad de miembros del Consejo de Protectores.
Dicho Patronato aprueba la constitución de la Fundación Carolina Colombia en su Sesión Ordinaria de 16 de diciembre de 2003 quedando formalmente constituida en el año 2004 como entidad de derecho privado sin ánimo de lucro que se rige por las disposiciones legales vigentes para la República de Colombia y por lo establecido en sus estatutos elevados a escritura pública en febrero de 2004 en la Notaría Primera de Cartagena de Indias, e inscrita en la Cámara de Comercio de Bogotá.
Con la existencia en los últimos diecinueve años de la Fundación Carolina en nuestro país, se han consolidado importantes espacios de cooperación entre España, Colombia e Iberoamérica en los campos de la ciencia y la academia. Es gratificante anotar que, a la fecha, más de 3.500 ciudadanos colombianos residentes en todas las regiones de nuestro país, han sido beneficiarios de la Fundación Carolina desde el año 2001, en sus diferentes programas. Así como se han beneficiado alrededor de 20.000 profesionales latinoamericanos.